El 7 de diciembre del 1999 fue designado obispo de la diócesis que comprende las cuatro provincias del Suroeste o Enriquillo. El 22 de enero del 2000 fue ordenado obispo en una ceremonia realizada en el Palacio de los Deportes del Complejo Deportivo de Villa Central, donde asistió el presidente de entonces, Leonel Fernández.
Hace varios años, Felipe Núñez tuvo un percance de salud cuando celebraba una misa en Pedernales, que lo mantuvo alejado de sus labores pastorales de la diócesis por un buen tiempo.
A pesar de que luce delgado y frágil, el prelado católico realiza sus labores con normalidad, y con frecuencia se desplaza a las comunidades, donde celebra misas y sostiene encuentros con los feligreses de allí. El primer obispo que tuvo la diócesis de Barahona fue Fabio Mamerto Rivas Santos, ordenado el 28 de mayo de 1976.
Fuente: elnuevodiario.com,do